Los inicios de la cofradía se remontan a inicios del siglo XVI. Según los datos conservados, el nacimiento de la cofradía está vinculado a una congregación devota en torno a la imagen de Jesús Nazareno venerada en un beaterio de la calle Palomos, gracias a la piadosa labor de unas piadosas devotas propietarias de la talla.
Tras su fallecimiento, se trasladó al Portichuelo, dando nombre a la calle y barrio de Jesús. En estos momentos, se produce la fundación del eremitorio de Jesús por parte de los Franciscanos Terceros, lo que generó cierta polémica entre las demás órdenes religiosas asentadas en la ciudad. En 1527, esta fundación pasaría a denominarse Convento de Jesús y posteriormente, Colegio de Santa María de Jesús.
La citada imagen, cedida a estos religiosos franciscanos, quiénes continuaron con el culto iniciado por las ya difuntas hermanas. Esta congregación, ya conformada en hermandad, dedicaba gran parte de su actividad a la función asistencial. Cabe citar la crucial actuación de Juan de Barnuevo, consiguiendo censos para sostener el hospital de vagabundos que regentaban y para la propia cofradía.