Los inicios de este siglo XVII, concretamente en 1617, el tribunal de la Rota dicta sentencia a favor de los domínicos ordenando el traslado a Santo Domingo (como popularmente ya se conocía al convento) de la primitiva cofradía junto a todos sus bienes y derechos, reafirmando que este tipo de institución era privativo de la Orden de Predicadores allá donde tuvieran casa.
De esta forma, se produce la unificación con la cofradía que los domínicos habían fundado con anterioridad. Esta fusión resultó efectiva el día primero de enero de 1619 según consta en la documentación conservada “…la cofradía del nombre de Jesús naçareno questa junta y congregada al conbento del señor Santo Domingo con la cofradía que estava y que ambas en virtud de la executoria se juntan en una y se instalan ambas juntas una cofradía del nombre de Jesús naçareno”.
Con la ejecución de la sentencia, se produce el traslado de la cofradía acompañada por algunos de devotos hermanos como reflejan documentos conservados, fieles a su devoción. Hay que reflejar que la citada imagen de Jesús Nazareno, tras el inicio del pleito, como medida judicial fue conducida a la iglesia de San Salvador y posteriormente a San Juan, por lo que transitó por varias sedes hasta su aposento final bajo el amparo de la orden domínica.
La cofradía ubicada ya en su sede actual contaba con el amparo y protección de grandes familias antequeranas entre las que cabe destacar a la familia Rojas (Marqueses de la Peña) y la familia Chacón (Condes de Mollina), entre otros.